Il est assisté par un haut fonctionnaire de défense et de sécurité (HFDS) dont les attributions sont fixées par le code de la défense. Le HFDS relève directement du ministre et dispose d’un service spécialisé.
Le HFDS est notamment chargé de l’animation de la politique de sécurité des systèmes d’information et du contrôle de son application. Il nomme un fonctionnaire de sécurité des systèmes d’information (FSSI) pour l’assister dans ces missions.