Jusqu’en 2009, l’ANSSI a assuré la présidence d’un groupe de travail interministériel dont la mission était la rédaction bisannuelle d’un rapport d’orientation des travaux de recherche et développement en matière de sécurité des systèmes d’information. À la suite de la réorientation stratégique des activités de l’ANSSI, ces travaux d’orientation se poursuivent dans d’autres cadres.
L’ANSSI a participé au processus d’élaboration de la stratégie nationale de recherche (SNR) principalement sur les sujets de sécurité. Elle a également contribué à la programmation de l’Agence nationale de la recherche (ANR) et participe aux comités de pilotage scientifiques et au financement des deux grands défis sociétaux du programme en relation avec la sécurité.
Au-delà de ces travaux et apports à l’orientation de la recherche, l’agence s’implique techniquement sur plusieurs projets ANR dans différents domaines (sécurité des systèmes embarqués, sécurité des primitives cryptographiques, etc.). Elle a par ailleurs assuré en 2009 et 2010 la présidence du défi SEC&SI de l’ANR mettant en compétition 3 équipes de recherche pour la réalisation d’un système d’exploitation sécurisé et cloisonné.
L’ANSSI apporte par ailleurs son soutien aux appels à projets du programme d’investissement d’avenir dans l’économie numérique sur les thématiques de la sécurité. Elle pilote le plan « Cybersécurité », identifié dans le cadre des 34 plans annoncés par le président de la République pour dessiner la France industrielle de demain. Ces plans contiennent un volet recherche.
Au niveau européen, l’ANSSI participe à la définition des priorités nationales, soumises à la commission européenne afin de rédiger le texte des appels à projets dans le cadre du programme européen pour la recherche et le développement (Horizon 2020). Elle s’implique dans les comités consultatifs de ces projets lorsque cette coopération permet d’orienter les travaux vers une meilleure adaptation et efficacité des solutions étudiées.